Plantas infectadas apresentam folhas trifolioladas encarquilhadas, com algumas bolhas e com mosaico distribuído irregularmente sobre o limbo foliar. A maturação é atrasada e é comum encontrar plantas verdes no meio de plantas já amadurecidas. Genótipos suscetíveis produzem sementes com manchas (mancha café). Essas manchas são marrons ou pretas, de acordo com a cor do hilo. Há, entretanto, genótipos suscetíveis que não produzem sementes manchadas. Semente sem mancha pode transmitir o vírus e originar plântula infectada. No entanto, nem todas as sementes manchadas originam plântulas infectadas.
O vírus do mosaico comum da soja foi introduzido no Brasil por meio de semente infectada e está distribuído em todas as regiões onde a soja é cultivada. É transmitido por pulgões, a partir de plantas hospedeiras. Condições climáticas que favorecem a população de pulgões contribuem para maior incidência do vírus no campo.
À semelhança de outras viroses vegetais, a maneira mais eficiente de se controlar essa doença é por meio de cultivares resistentes.