A infecção das raízes pode ocorrer desde o início da germinação, visto que o fungo é um habitante natural dos solos. Lesões no colo da planta são de coloração marrom-avermelhada e superficiais. Radículas infectadas apresentam tecidos com escurecimento. Após o florescimento e ocorrendo deficit hídrico, as folhas tornam-se inicialmente cloróticas, secam e adquirem coloração marrom, permanecendo aderidas aos pecíolos. Nessa fase, as plantas apresentam raízes de cor cinza, cuja epiderme é facilmente destacada, mostrando microesclerócios negros nos tecidos imediatamente abaixo.
Áreas onde o preparo do solo não é adequado, permitindo a formação de pé de grade resultam em plantas com sistemas radiculares superficiais, com pouca tolerância à seca. Essas plantas são mais vulneráveis ao ataque de Macrophomina, principalmente em condições de déficit hídrico.
Adequada cobertura do solo com restos de cultura, acompanhada de bons manejos físico e químico do solo, mostrou-se eficaz, por reduzir o estresse hídrico, diminuindo a predisposição das plantas ao ataque de M. phaseolina. Em solos compactados fazer escarificação para facilitar a penetração das raízes.